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有濟(jì)說 | 從“黑箱”到“透明”:代謝產(chǎn)物鑒定在NDC藥物研究中的多重價(jià)值




引言:NDC藥物的興起與研發(fā)挑戰(zhàn)


NDC藥物(包括抗體偶聯(lián)藥物ADC、多肽偶聯(lián)藥物PDC等)代表了靶向治療的重要發(fā)展方向。這類藥物的基本設(shè)計(jì)理念是:通過連接子將高細(xì)胞毒性的Payload與靶向配體(抗體或多肽)偶聯(lián),實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)遞送,最終殺傷腫瘤細(xì)胞。


目前,NDC藥物的研發(fā)呈現(xiàn)出多元化格局。ADC領(lǐng)域已經(jīng)較為成熟,截至目前已有超過15款ADC藥物獲得FDA批準(zhǔn)上市,涵蓋HER2、Trop-2、CD79b等多個(gè)靶點(diǎn),廣泛應(yīng)用于乳腺癌、淋巴瘤、尿路上皮癌等多種惡性腫瘤的治療。PDC作為新興方向,近年來也取得了重要進(jìn)展,已有Pepaxto(melflufen)等藥物進(jìn)入臨床并獲加速批準(zhǔn),雖然后續(xù)因臨床研究失敗而撤市,但PDC憑借其分子量小、腫瘤穿透力強(qiáng)、合成成本低等優(yōu)勢,仍被視為下一代靶向治療的有力候選者。


與ADC不同,PDC的分子量更小(通常2-10 kDa),作用機(jī)制更加靈活多樣:可以通過受體介導(dǎo)的內(nèi)吞進(jìn)入細(xì)胞,在溶酶體或胞漿中釋放Payload;可以利用細(xì)胞穿透肽直接跨膜入胞,不依賴受體識別;可以在腫瘤微環(huán)境(低pH、高GSH、特異性酶)中釋放Payload,Payload再進(jìn)入細(xì)胞發(fā)揮作用;或者作為整體復(fù)合物直接發(fā)揮藥效(如Lutathera);甚至可以靶向膜表面受體,在不進(jìn)入細(xì)胞、不釋放Payload的情況下直接調(diào)節(jié)生物學(xué)功能(如Bicycle Therapeutics的雙環(huán)肽PDC—BT7480)。機(jī)制上的靈活性意味著其ADME特性更加復(fù)雜多變,對DMPK研究提出了更高要求。


然而,在NDC藥物的研發(fā)實(shí)踐中,一個(gè)令人困惑的現(xiàn)象反復(fù)出現(xiàn):連接子設(shè)計(jì)精妙,藥效結(jié)果卻不及預(yù)期;考察體內(nèi)過程時(shí)發(fā)現(xiàn),藥物在血漿中穩(wěn)定性良好,卻難以在靶點(diǎn)部位有效積累;深入追蹤代謝命運(yùn)時(shí)更觀察到,母藥快速消失,游離Payload卻寥寥無幾。


這些困境的背后,折射出一個(gè)共性問題:我們只知道藥物進(jìn)入了體內(nèi),卻不知道它去了哪里、變成了什么、為何沒能發(fā)揮作用。常規(guī)的母藥定量和總Payload測定,無法回答這些問題。而代謝產(chǎn)物鑒定(MetID),正是照亮這段黑暗旅程的那盞探照燈。


通過系統(tǒng)追蹤NDC分子在體內(nèi)的代謝足跡,MetID能夠直接鑒定那些被常規(guī)檢測忽略的關(guān)鍵代謝物,為理解藥效、指導(dǎo)優(yōu)化提供不可替代的證據(jù)。本文結(jié)合近年來的研究案例,梳理代謝產(chǎn)物鑒定在NDC藥物研究中的多重價(jià)值。




1

揭示Payload釋放后的真實(shí)形式:發(fā)現(xiàn)“活性喪失”的根源


連接子斷裂只是第一步,釋放后的Payload以什么形式存在,直接決定了其能否發(fā)揮藥效。有時(shí),研究者雖然觀察到藥效不及預(yù)期,但常規(guī)檢測只能測量總Payload濃度,無法區(qū)分Payload是以游離活性形式存在,還是以其他形式被禁錮或失活。而MetID能夠直接鑒定釋放產(chǎn)物的化學(xué)結(jié)構(gòu),揭示那些隱藏在藥效數(shù)據(jù)背后的關(guān)鍵代謝物。


案例:c(RGDfC)-SS-DOX為何藥效不佳?


Liang等構(gòu)建的RGD靶向PDC體系中,研究者采用三種不同連接子將環(huán)狀RGD肽(c(RGDfC))與DOX偶聯(lián)[1]


  • c(RGDfC)-SS-DOX:可還原二硫鍵連接子

  • c(RGDfC)-S-DOX:不可切割的單硫鍵連接子

  • c(RGDfC)-VC-DOX:組織蛋白酶B可切割的纈氨酸-瓜氨酸二肽連接子


核心發(fā)現(xiàn):


  • 體外細(xì)胞毒性試驗(yàn)結(jié)果顯示:c(RGDfC)-S-DOX和c(RGDfC)-VC-DOX的藥效是c(RGDfC)-SS-DOX和游離DOX的1.4-2.0倍[1]

  • 通過共聚焦激光掃描顯微鏡(CLSM)等分析手段,研究者發(fā)現(xiàn)c(RGDfC)-SS-DOX在細(xì)胞內(nèi)環(huán)境中會產(chǎn)生含巰基的DOX衍生物(DOX-SH),而其他連接子則釋放游離DOX[1]


這個(gè)案例說明了什么?二硫鍵連接子設(shè)計(jì)本意是在細(xì)胞內(nèi)高GSH環(huán)境中快速釋放Payload,但實(shí)際釋放出的卻是DOX-SH這種異常形式的Payload。雖然“釋放”發(fā)生了,但“釋放的形式不對”,導(dǎo)致藥效不升反降。這一發(fā)現(xiàn)揭示了PDC研究中一個(gè)關(guān)鍵問題:Payload釋放后的化學(xué)形式,與釋放本身同等重要。


MetID的價(jià)值:該研究通過CLSM等手段觀察到了DOX-SH的存在,并基于此解釋了不同連接子藥效差異的原因。這一發(fā)現(xiàn)恰恰說明了在NDC研發(fā)中,識別Payload釋放后的真實(shí)化學(xué)形式至關(guān)重要。而在藥物研發(fā)實(shí)踐中,代謝產(chǎn)物鑒定(MetID)是發(fā)現(xiàn)和確證藥物相關(guān)產(chǎn)物最有力、最直接的手段。當(dāng)我們在自己的NDC項(xiàng)目中遭遇“釋放率不低、藥效卻不高”的困境時(shí),MetID就是追問“釋放出來的究竟是什么”的核心工具——它能夠系統(tǒng)性地發(fā)現(xiàn)那些可能被常規(guī)檢測忽略的異常代謝物,為理解藥效提供確鑿的分子層面證據(jù)。


2

描繪完整的代謝足跡:發(fā)現(xiàn)“中途下車者”


NDC分子在體內(nèi)的命運(yùn),遠(yuǎn)比“連接子斷裂釋放Payload”這個(gè)簡單模型復(fù)雜得多。通過系統(tǒng)追蹤藥物在血漿、尿液、膽汁、糞便中的所有代謝產(chǎn)物,MetID能夠描繪完整的代謝足跡,發(fā)現(xiàn)那些從未到達(dá)靶點(diǎn)的“中途下車者”。


案例:LN005的11個(gè)代謝物


LN005是一款由靶向多肽VAP與阿霉素(DOX)通過pH敏感連接子偶聯(lián)而成的PDC候選物,靶向腫瘤內(nèi)質(zhì)網(wǎng)高表達(dá)的GRP78蛋白。


研究者采用UHPLC-HRMS技術(shù),對大鼠靜脈注射LN005后的血漿、尿液、糞便和膽汁樣本進(jìn)行了系統(tǒng)代謝物鑒定。這是首次對PDC藥物L(fēng)N005在大鼠體內(nèi)的代謝產(chǎn)物進(jìn)行系統(tǒng)研究,共發(fā)現(xiàn)11個(gè)可能的代謝物[2]


圖片1.png

圖1. LN005大鼠靜脈注射18 mg/kg的代謝圖譜[2]


研究還發(fā)現(xiàn),LN005的代謝與DOX密切相關(guān),主要代謝途徑包括:氧化脫氨或水解、還原性糖苷鍵裂解、水解性糖苷鍵裂解和脫氫反應(yīng)[2]


MetID的價(jià)值:如果沒有MetID,研究者只會看到“血漿中母藥濃度下降”的數(shù)據(jù),卻無法知道這些母藥究竟去了哪里——是被靶組織攝取并成功釋放Payload,還是在循環(huán)或肝臟中被提前代謝清除?LN005的研究通過系統(tǒng)代謝物鑒定,直接揭示了藥物在血液氧化代謝、肝臟攝取和膽汁排泄等多條“中途下車”路徑。


3

解析ADC的復(fù)雜代謝產(chǎn)物:發(fā)現(xiàn)“含Payload代謝物(PCCs)”的全貌


ADC藥物的代謝產(chǎn)物鑒定面臨獨(dú)特挑戰(zhàn):含Payload代謝物(Payload-Containing Catabolites, PCCs)濃度低、結(jié)構(gòu)未知、分子量范圍寬。MetID技術(shù)的進(jìn)步正在突破這些瓶頸,為ADC的Payload設(shè)計(jì)和臨床前評價(jià)提供關(guān)鍵支持。


案例:T-DM1的含Payload代謝物研究


T-DM1(ado-trastuzumab emtansine)是一款經(jīng)典的以DM1為Payload、以不可裂解連接子(MCC)構(gòu)建的ADC。蔡婷婷等研究者開發(fā)了一種基于LC-HRMS的通用方法,用于系統(tǒng)鑒定不可裂解ADC的體外PCCs[4]


研究設(shè)計(jì):

  • 將T-DM1和另一款A(yù)DC-1分別與人肝臟溶酶體、肝臟S9組分及腫瘤細(xì)胞共孵育

  • 采用高分辨質(zhì)譜結(jié)合兩種數(shù)據(jù)挖掘工具:非靶向背景扣除(PATBS)和靶向產(chǎn)物離子過濾(PIF)

  • 系統(tǒng)鑒定所有含Payload的代謝產(chǎn)物


核心發(fā)現(xiàn):

  • 在T-DM1的人肝臟溶酶體孵育體系中,共檢測并結(jié)構(gòu)表征了多種PCCs

  • 這些PCCs的大多數(shù)由MCC-DM1與幾個(gè)氨基酸組成——即連接子-MCC與Payload DM1形成的綴合物上,連接著不同數(shù)量的氨基酸殘基

  • ADC-1在多個(gè)物種(人、大鼠、猴)肝臟S9及腫瘤細(xì)胞中,生成1個(gè)主要PCC和3個(gè)次要PCC,驗(yàn)證了Payload設(shè)計(jì)的合理性


MetID的價(jià)值:該研究系統(tǒng)揭示了不可裂解ADC在溶酶體中的代謝命運(yùn)——抗體部分被逐步降解,留下“連接子-Payload-氨基酸殘基”形式的PCCs。這些PCCs本身可能具有藥理活性,其生成和積累直接影響ADC的藥效和毒性。如果沒有MetID,研究者將無法發(fā)現(xiàn)這些PCCs的存在,也無法理解不可裂解ADC的活化機(jī)制。這一案例充分展示了MetID在支持ADC早期研發(fā)、指導(dǎo)Payload設(shè)計(jì)中的關(guān)鍵作用。


4

建立種屬橋接,預(yù)判臨床風(fēng)險(xiǎn)


NDC藥物的臨床前研究依賴于動物模型,但不同物種之間的代謝差異可能導(dǎo)致臨床轉(zhuǎn)化失敗。MetID可以在臨床前階段建立“代謝的種屬相關(guān)性”,為首次人體試驗(yàn)的風(fēng)險(xiǎn)評估提供關(guān)鍵依據(jù)。


案例1:ADC-1的種屬比較


在上述ADC研究中,研究者同時(shí)考察了ADC-1在不同物種肝臟S9中的代謝譜[4]


核心發(fā)現(xiàn):

  • ADC-1在人、大鼠、猴的肝臟S9孵育中均生成相同的1個(gè)主要PCC和3個(gè)次要PCC

  • 代謝譜在三個(gè)物種之間高度一致


MetID的價(jià)值:

  • 動物模型的可靠性:如果在動物模型中觀察到ADC的代謝行為,且代謝譜與人相似,那么動物模型的結(jié)果對于預(yù)測人體代謝具有重要參考價(jià)值

  • Payload設(shè)計(jì)的驗(yàn)證:跨物種代謝譜的一致性,驗(yàn)證了該P(yáng)ayload設(shè)計(jì)在不同物種中具有相似的代謝命運(yùn)

  • 臨床風(fēng)險(xiǎn)的早期預(yù)警:在臨床前階段就能了解ADC分子在不同物種中的代謝特征,為后續(xù)研究設(shè)計(jì)提供依據(jù)


案例2:LN005的種屬比較


PDC同樣適用這一思路。LN005的體外研究采用不同物種的肝臟S9組分孵育,發(fā)現(xiàn)了4個(gè)主要代謝物,主要代謝途徑為氧化脫氨或水解。更重要的是,代謝譜在小鼠、大鼠、犬、猴和人之間高度相似[3]


MetID的價(jià)值:

  • 代謝途徑的可預(yù)測性:氧化脫氨和水解是跨物種保守的代謝通路,應(yīng)作為NDC設(shè)計(jì)的重點(diǎn)關(guān)注對象

  • 臨床轉(zhuǎn)化的信心:跨物種代謝譜一致,為后續(xù)臨床研究提供了重要依據(jù)


5

指導(dǎo)結(jié)構(gòu)優(yōu)化的“靶點(diǎn)地圖”


MetID不僅能夠解釋代謝途徑,更能指導(dǎo)結(jié)構(gòu)優(yōu)化。通過明確主要代謝途徑和代謝脆弱位點(diǎn),MetID為化學(xué)家提供了優(yōu)化的精準(zhǔn)方向。


來自PDC的啟示:LN005的主要代謝途徑


LN005的研究明確指出了主要代謝途徑——“氧化脫氨或水解”[2,3]。這些位點(diǎn)正是結(jié)構(gòu)優(yōu)化的靶點(diǎn):


  • 在易氧化位點(diǎn)引入空間位阻

  • 非天然氨基酸替代敏感殘基


來自ADC的啟示:T-DM1的PCCs結(jié)構(gòu)特征


T-DM1的PCCs結(jié)構(gòu)表征揭示了一個(gè)關(guān)鍵特征:PCCs由MCC-DM1與不同數(shù)量的氨基酸殘基組成[4]。這提示:


  • 不可裂解ADC的活性形式可能不是游離Payload,而是“連接子-Payload-氨基酸”綴合物

  • 在設(shè)計(jì)不可裂解ADC時(shí),需要關(guān)注這種綴合物的活性和透膜能力

  • 避免產(chǎn)生含巰基的Payload(如DOX-SH案例所示)


沒有MetID提供的代謝途徑信息,結(jié)構(gòu)優(yōu)化只能是盲目的“試錯”。


6

結(jié)語:讓每一個(gè)NDC的“體內(nèi)足跡”都清晰可見


從c(RGDfC)-SS-DOX研究中通過CLSM等手段發(fā)現(xiàn)的含巰基DOX衍生物[1],到LN005研究中通過UHPLC-HRMS直接鑒定的11個(gè)代謝物[2,3],再到T-DM1研究中系統(tǒng)發(fā)現(xiàn)的多種含Payload代謝物[4],這些案例共同指向一個(gè)核心結(jié)論:


NDC在體內(nèi)的命運(yùn),遠(yuǎn)比“連接子斷裂釋放Payload”這個(gè)簡單模型復(fù)雜得多。常規(guī)檢測只問“母藥還剩多少”“總Payload有多少”,但MetID能追問“釋放出的Payload是什么形式”“藥物整體去了哪里”“變成了什么”。


當(dāng)研究者發(fā)現(xiàn)二硫鍵連接子釋放出的不是游離DOX而是DOX-SH時(shí)[1],當(dāng)研究團(tuán)隊(duì)在LN005的糞便中發(fā)現(xiàn)超過一半的LN005相關(guān)物質(zhì)以水解產(chǎn)物形式存在時(shí)[2],當(dāng)研究者系統(tǒng)鑒定出T-DM1的多種PCCs并揭示其由MCC-DM1與氨基酸殘基組成時(shí)[4],這些發(fā)現(xiàn)都指向同一個(gè)事實(shí):NDC在體內(nèi)可能生成多種Payload之外的分子,而這些“隱藏”的代謝物是理解藥物體內(nèi)過程的關(guān)鍵。


這正是代謝產(chǎn)物鑒定在NDC研發(fā)中的核心價(jià)值:作為發(fā)現(xiàn)和確證藥物相關(guān)產(chǎn)物最有力的手段,它讓研究者能夠系統(tǒng)性地揭示那些被常規(guī)檢測忽略的代謝物,為理解藥物的體內(nèi)命運(yùn)提供分子層面的證據(jù)。


科學(xué)的DMPK策略,是“因時(shí)制宜”的精準(zhǔn)設(shè)計(jì)


在NDC藥物研發(fā)的長周期中,DMPK研究不應(yīng)是僵化的“標(biāo)準(zhǔn)操作”,而應(yīng)是基于科學(xué)認(rèn)知的“動態(tài)適配”。在早期篩選階段,應(yīng)聚焦Payload本身的屬性,合理看待母藥數(shù)據(jù)的局限性——這是基于機(jī)制認(rèn)知的理性選擇;在PCC確認(rèn)階段,則需要攻堅(jiān)克難、建立可靠的MetID方法,這是對藥物研發(fā)負(fù)責(zé)的必經(jīng)之路。而貫穿始終的MetID策略,正是連接這些階段的橋梁——它讓研究者能夠全面追蹤藥物的代謝足跡,發(fā)現(xiàn)那些影響藥效的“隱藏變量”,為理解每一個(gè)分子的體內(nèi)過程提供關(guān)鍵證據(jù)。


有濟(jì)醫(yī)藥DMPK部門深耕偶聯(lián)藥物領(lǐng)域多年,在PDC、ADC等NDC新型藥物的體外ADME研究、體內(nèi)PK研究及復(fù)雜樣品分析方面積累了豐富的實(shí)戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)。我們不僅提供標(biāo)準(zhǔn)化的DMPK服務(wù),更致力于與申辦方一同探討基于項(xiàng)目階段、分子特性的科學(xué)定制化研究策略,將MetID等先進(jìn)工具融入研發(fā)全流程。讓我們攜手,以更智慧的DMPK策略,助力NDC藥物研發(fā)之路行穩(wěn)致遠(yuǎn)。


參考文獻(xiàn)

[1] Liang Y, Li S, Wang X, et al. A comparative study of the antitumor efficacy of peptide-doxorubicin conjugates with different linkers. Journal of Controlled Release. 2018;275:129-141.

[2] Wang W, Chen C, Luo J, et al. Metabolism investigation of the peptide-drug conjugate LN005 in rats using UHPLC-HRMS. Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis. 2024;238:115860.

[3] Yuan Y, Wang W, Luo J, et al. Metabolite characterisation of the peptide-drug conjugate LN005 in liver S9s by UHPLC-Orbitrap-HRMS. Xenobiotica. 2024;54(1):1-9.

[4] Cai T, Shi L, Guo H, et al. Detection and Characterization of In Vitro Payload-Containing Catabolites of Noncleavable Antibody-Drug Conjugates by High-Resolution Mass Spectrometry and Multiple Data Mining Tools. Drug Metabolism and Disposition. 2023;51(5):591-598.

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